随着天人（宇宙人）的袭击，城镇和整个江户的价值观发生了改变，宇宙人、高层建筑、摩托车什么的都出现在了世界上。此时依然存在着有着不变灵魂的最后的武士，这个男人的名字是坂田银时，通称万事屋・阿银。阿银是个马虎、鲁莽并且超爱甜食的人，每天在悠哉和若无其事中度过。在与伙伴们共度的时光中，阿银过着充满着笑与泪的温暖生活。

江户时代末期（本作的20年前），被称为“天人”（あまんと）的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个落魄，但是却一直贯彻自己武士道的男人与同伴的生活的故事。 也有人称万事屋银魂的诞生源于作者和编辑的一次激烈争执，编辑希望空知英秋搭上时下热门题材“幕末新撰组”的顺风车，但空知英秋却一心想画幻想漫画，在争执不下的情况下，空知英秋终于爆发了，大喊：“那就他妈的让新撰组和外星人对打吧！”——于是《银魂》就诞生了。坂田银时所经营的万事屋。号称做万事其实万事不做的“事务所”。天人掌权后武士没落，身为武士的银时为了维生而建立万事屋，接受他人的请求；只要付钱，什么工作都会做（前提是不违背他的武士道）。